自一切惑相始終上說，分為現行種子習氣三種：
　　一、現行　阿賴耶識，有生一切之法之功能，謂之種子。自此種子，生色心之法，謂之現行。復指所生之法，而謂之現行，亦謂之現行法，謂從阿賴耶識種子，顯現行動之一切法也。
　　二、種子　對於現行法之稱。指在阿賴耶識中，生一切有漏無漏有為法之功能，而謂之種子，猶如草木之種子也。是為有為法之正因，四緣中因緣之實體也。唯識論曰：‘何法名為種子？謂本識中親生因果功能差別。’唯識論述記曰：‘種子即是諸法因緣，皆因相也。’
　　　然種子說有二種：
　　　一、本有種子　第八識處，為無始法爾有生一切有漏無漏有為法之功能，是為本有種子。
　　　二、新薰種子　種子由現行之前七識，隨所應而色心萬差之種種習氣，皆悉落在第八識中，更成生果之功能，謂之新薰種子，亦曰始起種子。
　　唯識論曰：‘種子各有二類：一者本有，謂無始來，異熟識中，法爾而有生蘊界處功能差別，（中略）此即名為本性住種。二者始起，謂無始來，數數現行薰習而有，（中略）此即名為習所成種。’
　　三、習氣　煩惱之餘氣曰習氣，又云習。既伏惑之現行，且斷惑之種子，尚有惑之氣分而現惑相，是名習氣。述記曰：‘言習氣者，是現行氣分薰習所成，故名習氣。此習氣三乘之中，聲聞全不斷之，緣覺稍斷之，佛則全斷之也。’