《因明入正理論疏》六卷(通行刊本八卷)，唐窺基撰。窺基(632～682)系元魏時尉遲部的後裔，十七歲時依止玄奘出家，經過了十一年，參加譯經，編纂《成唯識論》，並深入研究了因明。但到玄奘去世，乾封元年(666)後，他才作《因明入正理論》的註疏，迄於晚年還未寫定，在解釋喻過"能立不成"處便中止了，以下各段，還是他的門人慧沼繼續完成的。

　　《因明入正理論》，一卷，商羯羅主造，是玄奘從事譯經的第三年，即貞觀二十一年(647)中所譯。因明這一種學問在當時是極覺新鮮的，所以奘門競行學習。過了一年，玄奘又譯出《因明正理門論》(一卷，陳那造)，充實了研究的資料，於是其時著名的神泰、靖邁、明覺三家的《入正理論疏》便在永徽初年間(650～652)撰成了，接著又有文軌、玄應、文備、璧公諸師的註解。這些注書各記所聞，並參照《理門論》加以發揮，一時頗為流行。窺基的《論疏》就是在這些著述基礎上，抉擇取舍而寫成的。

　　基《疏》內容，於解釋《入論》本文之前，有短短的序論三段(本疏卷一)：一、敘所因，略述因明的源流，世親、陳那的著作，本論的緣起，並說到玄奘在赴印途中迦濕彌羅國僧稱論師處開始學習了本論，後在那爛陀寺戒賢門下更窮盡了幽微，回國不久便譯出了本論。二、解論名，採取了當時神泰、文備、文軌、靖邁四家之說，加上他自己的見解，一共五釋，未予軒輊。但據其最後所解，以正理指陳那的著作(特別是《理門論》)而言，似乎更為當理。本段末尾還解說了本論作者商羯羅主得名的由來，可惜未詳其身世。三、明妨難，解釋對於因明這一名稱的七種疑難，大都是當時存在的異論。

　　本疏解釋論文，大分兩段：第一大段解釋論首總標綱領的攝頌以及隨後詳解的長行，第二大段解釋論末顯略指廣的結頌。首段解釋攝頌中對於所標出的八門(也就是八義：真似能立、真似能破、真似現量和比量)二益(也就是二悟：自悟、悟他)，都有簡明扼要的說明，如說真能立是三支具足而且一無過失，真能破有顯過和立量的不同，真現量是定心或散心之照符前境、明局自體，真比量是以共許因成立未許宗能生決定智等，無一非精粹之談。隨後還推論到瑜伽學系論書解說這些義門的沿革。

　　其次解釋本論長行。因為本論結構還是依據《理門論》以立破為綱，故在真似能立之後接著就說真似二量(這是視二量為能立的工具，所以這樣安排)，再說真似能破，一共六段，和攝頌的順序不同。譔者體會這樣的精神，在釋文裡也就偏詳於立破。他解釋真能立的一部分有不少精到的見解。如解三支比量的宗支處(本疏卷二初)，指出宗依(構成宗支的主詞即"有法"和賓詞即"能別"兩個部分)與宗體(由能別解釋有法所得的整個意義)之應嚴加區別。又宗體在四種悉檀(即普遍的、自宗的、旁推的、隨意的)裡應取第四隨自意樂而建立，不受拘束。又解因支處(本疏卷二末)指出因有啟發作用的生因和了解作用的了因，二者又各有言、義、智三方面(合成六因)，而就立量悟他來說，因支是應該以言生和智了二因為其實質的。又解喻支處(本疏卷三)，辨析到異喻用在止濫(即遮止因法通於宗的對立面)，無妨用無體之法為喻依。由此再推到三支之有體，無體，應當互相適應(立有體的宗，因喻俱應有體，立無體宗則不拘，見本疏卷四)。這些議論雖在其他論書裡(如《廣百論釋》曾談到因法的有體無體等)，舊疏裡(如文軌的疏文曾談到宗依、宗體和四悉檀等)，已見其端倪，而作出徹底詳盡的發揮，則是此疏所獨有。

　　就在這些釋文裡，此疏也隨時糾正各家舊疏的錯誤。最顯著的例子，即是本論之解釋宗支，有一句譯文是"極成能別差別性故"(意謂宗是由於雙方共許的"能別"區別了……而成的)。文軌等舊疏卻作"……差別為性"來解釋，這不但違反因明的軌轍，又還不懂中印語文的規律，貽誤學人，為害不淺，故譔者予以嚴厲的譴責而毫無寬假(見本疏卷二)。

　　其次，解釋似能立一部分。此分從本論的結構來看，可說是最大特點之所在。因為陳那的著作《理門》、《集量》等論書裡，雖已對於三支過失作了全面的說明，但文義比較散漫而隱晦，《入論》乃加以整理、明確，並有所補充(如宗過的後面四種)，於是釐然列出宗九過、因十四過、喻十過、而合成三十三過，又各各舉了確切的範例，使人一目瞭然，可謂極其精采(後人學習因明的，也從研習三十三過而入，可謂"思過半矣"之效)。基疏對這部分的解釋，盡了很大的努力，以篇幅言，幾佔現存全疏的一半(三卷有餘)。他為了明確刊定每一種過失的特徵與其可能運用的範圍，作出種種的分析。如解各過，都舉出全分的，一分的兩類四句(此即以正面對自許、他許、共許而為三句，反面全非又為一句)，而刊定其是非(一、三句是過失，二、四句則不然)。另外又在各支過失可以兼備的方面，錯綜排列出所有的句式，以為真似的刊定。以宗過一類為例，九過互具，再加以全分、一分四句的分別，即可演繹出二千三百另四種句式(見本疏卷五)。這雖不免過於形式化，但從其可能性上，究極奧蘊，不得不說是基疏對於因明理論的一種發展。

　　即由於三支過失的刊定和所對而言者(自、他、共三方面)有關，基疏從這一點更推論到比量之運用於破他、自救，乃至於留防過地步等等，也可在三支上予加限制的言詞(如只是自宗承認的加"自許"，他宗承認的加"汝執"，兩家共認而非泛泛之談則加"勝義"或"真故" 等)，提了出來，並不成為過失(在護法、清辨的著書裡，此例極多)，這樣就有了"自比量"、"他比量"、"共比量"的區別。又在共比量裡，還可擴大因支的範圍，加上自許或他許的部分，以成"自共比"或"他共比"，三支比量的運用乃益靈活而廣泛。基疏對於這些用法，一再透闢地闡明其意義，併舉出玄奘在印度時所立"唯識量"和改訂的勝軍"大乘是佛說"量來作為例子而詳加解釋，又對順瞋的反對唯識量作了批判(見本疏卷五、卷六)。基疏在這一方面的發展，對於當時的佛學講論、著述以及理解護法、清辨等論書，均有很大的實用意義。本疏原稿不全，只到解釋喻過的開端為止，以下十種喻過、真似二量、真似能破各段，都付缺如，這是很可惜的。不過慧沼(650～714)依據本疏的精神，很好的替它補足了。特別是二量部分，疏文未及詳說的，還另寫了《二量章》收在《法苑義林章補缺》之內，極便於研究。慧沼這一部分補寫的疏文，後來單行，即題名《因明入正理論續疏》(因為有人曾將《續疏》刪成節本，後世也誤會為窺基原作略疏，其《續疏》不過是添加細注而已，參照內學院校刊本《因明入正理論續疏》卷末校記)。此外，文軌舊疏解釋似能破一段，曾引《理門論》中十四過類一段詳細解釋，也曾被後人誤認為窺基手筆，改題為《因明理門十四過類疏》，刊本單行。

　　本疏內容極其豐富，幾乎涉及因明全部的問題，因此通稱為《大疏》。其書一出，所餘同類章疏為之晦采，大半零落失傳。在慈恩宗內，奉本疏為圭臬，備致推崇，更不待言。象慧沼，除作了《續疏》而外，還撰有《入正理論義斷》三卷、《纂要》一卷，引申本疏之說。其後，智周 (668～723)更對本疏作了《略記》一卷、《前記》三卷、《後記》一卷(未全)，解釋益加詳細。又本疏從中唐時傳到日本後，講習極盛，著述亦多，其中還保存不少的唐人舊說足供研究。其流傳後世的主要著述，有善珠的《因明論疏明燈鈔》六卷、明詮的《因明大疏導》並《裡書》九卷、藏俊的《因明大疏鈔》四十一卷、良遍的《因明大疏私鈔》三卷。此外，還有鳳潭的《因明論疏瑞源記》八卷，徵引該博，解釋細緻，尤為風行。又本疏解釋因四相違過一段，素稱難解，日人對此也特別研究，另作注書，著名之作有真興的《因明四相違略私記》二卷、源信的《因明論疏四相違略註釋》三卷等。