(一)位於日本橫濱市鶴見區鶴見町。山號諸岳山。為日本曹洞宗大本山。天平年中(729~749),日僧行基於能登(石川縣)鳳至郡創建諸岳寺,又作諸岳寺,屬於真言律宗(或謂屬白山天台系)。後以元亨元年(1321)住持定賢歸依曹洞宗太祖瑩山紹瑾,遂改律院為禪剎,號總持寺,並禮請紹瑾為開山祖師。翌年,後醍醐天皇敕本寺為曹洞宗出世道場。四年三月,製定諸岳山十條之龜鏡,規定嗣法門人輪番住持等條例。

四年七月,紹瑾讓席予法嗣峨山紹碩,紹碩擴張寺規,奠定本寺基礎,舉揚宗風,興盛一時,而與越前之永平寺併列。二寺遂互爭本山之地位,至元和元年(1616),乃定總持寺為能本山,永平寺為越本山,併稱兩大本山。

安永元年(1772)十一月,值開祖紹瑾四百五十年遠忌,敕賜「弘德圓明國師」之謚號,此為洞門有國師號之始。

明治三年(1870)廢舊有之輪住制,新立獨住制,以栴崖奕堂為獨住第一世。五年,與永平寺結盟約,共稱大本山。十二年,再與永平寺結盟約。三十一年,罹回祿之災,諸堂悉成灰燼。四十年,第四世牧牛素童將寺基移轉今地,翌年始興工事。大正十二年(1923)關東大震災,諸堂幾皆倒潰,後再逐漸修造。

今有敕使門、傳道館、大僧堂、東部役寮室、三寶殿、鐘鼓樓、茶處、寶物館、倉庫、西部役寮室、東司、一文字廊下、觀音大銅像等,境內又有羯林、三松關、千光城、吹上墀等十境,為關東一大巨剎。

本寺並經營三松學林(山內)、光華女學校、鶴見高等女學校等,作育英才。又開設鶴見社會館、鶴見公益質屋等社會事業、另於能登之舊地,置別院與三個支院。

西元一九七五年,我國唐代禪師石頭希遷之肉身為日本佛教界所發現,今即供奉於鶴見之本寺。此外寺寶尚有紙本着色提婆達多像、刺繡大法被等。[總持寺文書、大本山總持寺要覽]

(二)位於日本攝津國三島郡三島村。山號補陀落山。屬於日本古義真言宗。寬平二年(890),藤原山陰從我國購得白檀香木,遂造千手觀音像,後即建寺安置觀音像,此為總持寺創建之因緣。曾遭兵火焚燬而重新建造;今有本堂、護摩堂、經藏、鐘樓、藥醫門、庚申堂、藥師堂、庫裡、寶藏等。[三國傳記卷七]

(三)位於日本紀伊國海草郡野崎村。山號受陽山知足院。屬日本淨土宗西山光明寺派,即西山派七檀林之一。寶德二年(1450),由明秀光雲所創建。今有本堂、釋迦堂、開山堂、經藏、鐘樓等。寺中珍藏絹本着色阿彌陀三尊像板裝三幀(傳為真如親王所繪),被編為日本國寶。[淨土傳燈總系譜卷下]

(四)位於日本近江國波田郡南鄉里村。山號醫王山。屬於日本新義真言宗豐山派。相傳於天平年中(729~749)為日僧行基所開創。永享五年(1433)列為敕願所,蒙賜「總持院」之號。元祿五年(1692),有末寺八十七、孫末寺五十,其後逐漸衰微,現有末寺三十二、孫末寺十四等。現存之堂宇有本堂、庫裡、客殿、書院、鐘樓、寶庫等。有絹本着色愛染明王像一幅、木造聖觀音立像一尊等被編為國寶。[近江國輿地誌略卷八十]

(五)位於日本東京都足立區西新井町。山號五智山遍照院。屬於日本新義真言宗豐山派。相傳為日本真言宗開祖空海所草創,原位於千住五丁目,後移往現址。有大師堂(本堂)、仁王門、書院、方丈、客殿、鐘樓、榮螺堂、不動堂、女人堂等建築。寺內供奉之本尊為空海之像,古來稱為「厄除大師」,參詣者絡繹不絕。[江戶名所記卷二] p6486