在公曆紀元前後，印度尼西亞是海上交通的要衝，居民都為印度人，主要信仰婆羅門教。5世紀初，法顯去耶婆提（今蘇門答臘及爪哇）時，據他著的《佛國記》所載，當地盛行婆羅門教，但亦有少量的佛教。稍後，印僧求那跋摩赴華，路經闍婆時，已見佛教甚為流行。據中國史籍《宋書》、《南史》和《梁書》的記載，5世紀中葉至6世紀上半葉，蘇門答臘、爪哇和巴釐等地已廣信佛法，崇仰三寶。7世紀末，在蘇門答臘地區建立了室利佛逝王國。中國高僧義淨往返印度時都在此落腳，據其所述該地大小乘併舉；但從出土的文物看，密教系的觀世音菩薩和多羅菩薩信仰也很普遍。8世紀初，到中國的印度高僧金剛智，曾在室利佛逝滯留，不空即在闍婆拜金剛智為師。可見8世紀前後大乘佛教特別是密教一繫在室利佛逝十分流行。8世紀以後佛教由室利佛逝向馬來半島發展，當地王室都信奉密教，在馬來半島建立了大批密教寺院，民間亦多信奉者。

　　5世紀以後佛教在爪哇廣為流傳。8～9世紀，在中爪哇建立的夏蓮特拉王朝諸王，都信奉大乘佛教與印度教混合的密教，建立了很多寺院，如世界馳名的婆羅浮屠大寺，高達十層，代表十法界，石砌迴廊都刻有精美的浮雕，莊嚴雄偉，是世界美術史上的奇觀。

　　10世紀初，室利佛逝的高僧編集了著名的佛教教義書《聖大乘論》。13世紀庚·安祿在東爪哇創建的新訶沙裡王朝和 14世紀韋闍耶建立的滿者百夷王朝都信奉佛教。爪哇佛教是大乘密教和印度教濕婆派的混合物。他們把佛陀和濕婆看作一體，在崇拜的對像中雜有印度教的很多神祗。15世紀伊斯蘭教傳入爪哇後，佛教和濕婆派的信仰逐漸衰落，以致絕跡。