【種子來源】此是指種子的來源或原因而說的。種子有二類，一者本有種子，二者新熏種子。本有種子，謂阿賴耶識中，本來含藏有有漏無漏一切有為法的種子；新熏種子，謂阿賴耶識中所藏的種非為本來所固有，而是由現行的前七識、隨所應而色、心萬差之種種熏習，而成為有生果功能的新種子。於此，有護月、難陀、護法三師不同的主張。一、護月論師主張，他以為一切種子，是阿賴耶識的功能作用，本來俱有，並不是由新熏發生；熏習不過能增長養成本來固有的種子，他引以下經論證明：《無盡意經》謂：『一切有情，無始時來，有種種界，如惡叉聚，法爾而有。』（界是因義，就是種子差別的異名。）《阿毗達磨經》謂︰『無始時來界，一切法等依。』二、難陀論師主張新熏說，他以為一切種子，都是由現行的熏習而發生的。因為能熏與所熏，都是無始以來具有，所以從無始來就有熏生的種子。他以為，所謂種子者，必藉熏習而發生。再者種子是習氣的異名，所謂習氣，就是現行所熏習的氣分，由之可知種子是由新熏而來。他也引經論來證明︰《多界經》載︰『諸有情心，染淨諸法，所熏習故，無量種子之所積集。』《攝大乘論》載︰『內種定有熏習，外種或有或無。』三、護法論師主張折衷之說，他以為諸法種子，本有兩類，即本有種子和新熏種子。這兩類種子，都是無始以來就有的。阿賴耶識中，具有法爾生起一切諸法的差別功能，這就是本有種子，此又名本性住種；同時在無始以來，由現行的勢力，留貯在阿賴耶識中而有生果的作用，這就是新熏種子，此又名習所成種。此本新二種，相待而能生起諸法的現行。