指密教之金剛界、胎藏界兩部。略稱兩部。於「一心法界」之上,立理平等與智差別二門,以顯其理智之應用無窮。詮說智差別之經軌為金剛頂部,詮說理平等之經軌為胎藏部。金剛頂部以金剛頂經為根本經典,依此所畫之曼荼羅,稱為金剛界曼荼羅;胎藏部以大日經為根本經典,依此所畫之曼荼羅,稱為胎藏界曼荼羅。金剛界即智差別門,以金剛表之,象徵如來實智之堅寶,又稱智界;胎藏界即理差別門,以蓮花表之,象徵眾生本有之理性蘊含於大悲萬行之中,又稱理界。又金剛界為除障成身,自受法樂之行相,即轉九識而成就五智,故立五部;胎藏界為化度利生,他受法樂之行相,故立三部,開大定、大智、大悲三門,以引攝眾生。

有關兩部之三昧耶形,諸說各異,如:(一)金剛界以塔為三昧耶形,胎藏界以窣堵波為三昧耶形。(二)金剛界以多寶塔為三昧耶形,始藏界以五輪塔為三昧耶形。(三)兩部同以五輪塔為三昧耶形。又金剛界大日如來之種子為 (vaj,鍐),係五智融通之故;胎藏界大日如來之種子為 (ah,惡),係方便為究竟之故。而 (hūj)為金剛界之種子,(a,阿)為胎藏界之種子。金剛界以字門之末字為種子,表示「從本垂跡」之義;胎藏界以字門之首字為種子,顯示「從因至果」之義。另有一說則謂,字為胎藏界大日如來理法身之種子,字為金剛界大日如來智法身之種子,此二字即可代表金、胎兩部。又金剛界曼荼羅以月輪表示而用圓形,胎藏界曼荼羅以蓮花表示而用方形,兩者之理趣互異。

金剛界與胎藏界雖各立詮說,然理之外無智,智之外無理,色、心本不二;離金剛界別無胎藏界,離胎藏界別無金剛界,故金、胎兩部一體不二。金、胎兩部乃一體而不可分之說,始於密宗七祖惠果,其門人日僧空海將師之旨意傳入日本,真言宗遂產生兩部不二說,如東密之主張;台密則主張兩部對立,故於金、胎兩部外另立蘇悉地部,因蘇悉地經融合理、智,詮說兩部一體不二之旨,蘇悉地部之曼荼羅稱為雜曼荼羅。[大日經疏卷三、金剛頂大教王經疏卷一] p3531