(一)位於河北房山縣西南雲居山(石經山)東峰。又稱石峪寺。隋代大業年中,幽州沙門智苑發願以房山之石造一切經藏,乃鑿岩為石室,磨四壁以寫經,又取方石刻經書,藏於石室內而密閉之。當時,有煬帝之後助成其業,朝野亦爭相喜舍金品,遂得竣工。唐代貞觀十三年(639),智苑示寂於該寺,玄導、儀公、暹公、玄法等繼其刻經之業。開元年中,金仙公主命人加以修葺,並於五峰之頂各造一白石小塔,賜新舊譯經四千餘卷及莊園。唐末五代時曾一度中斷,至遼時,再興刻經之業,延續六十餘年,完成大藏經之大半。明太祖洪武二十六年(1393)、英宗正統九年(1444)曾兩度重修之。如此,由智苑點燃的護法之燈,歷經隋、唐、遼、金、元、明六代終於完成。而漢、滿、蒙、西藏各族,亦直接、間接參與此項聖業。凡刻經一千餘部,經版一萬五千餘塊,分藏於石經山九個石洞及雲居寺西南之地穴中,除少數因風化殘損外,大部分皆完整。

現存堂塔頗多,寺之西南有以磚築成之十一層塔,係遼天慶七年(1117)所建,稱為壓經塔,亦稱南塔。塔下埋藏無數石經。寺於抗日戰爭時毀於炮火,現僅存北塔及其四隅之小石塔。又1987年四月政府宣布在本寺發現裝有佛陀舍利的兩個金缽,據傳,此二缽於隋煬帝時即藏於本寺山洞中。[法苑珠林卷十八、小西天石經堂記、續秘藏石經塔記、古今圖書集成職方典第十一]

(二)位於河北涿縣城內東北隅。城內有磚塔兩座,城北之塔位於本寺,其建造年代無確實記載,然據金正隆五年(1160)雲居寺重修釋迦佛舍利塔碑記載,此塔建於遼大安八年(1092),而與城南之智度寺塔南北遙峙。北塔呈八角六層之形,一反佛塔之層數多為奇數之慣例。塔以磚砌,斗栱富於變化,造型優美,與南塔同為遼代建築之代表。

(三)位於江西永修西南十七公里處之雲居山上。又稱飛白寺、真如寺、龍昌寺。建於唐代元和年間。宋代祥符年中,受敕額「真如禪院」。後廢毀,明代萬曆年間復重建。開山為洞山良价之法嗣道膺,其後歷住者有道簡、懷岳,佛印了元亦曾居此。[大清一統志卷二四三] p5330