密教分胎藏界諸尊為蓮華部、金剛部、佛部,分別表示佛之大悲、大智、大定等三德。蓋金剛界以「除障成身、自受法樂」之行相,故轉九識而成五智,乃立五部以定尊位;相對於此,胎藏界則以「化度利生、他受法樂」之行相,開「大定、大智、大悲」等三門以引攝眾生,故立三部之別以賅攝諸尊。若以三部配涅槃三德,則蓮華部為法身,金剛部為般若,佛部即解脫。(一)蓮華部,眾生本具淨菩提心清淨之理,此理雖經六道四生之界,流轉生死之泥中而不染不垢,猶如蓮出污泥,故稱蓮華部。(二)金剛部,自心之理存有智,此智雖經無數劫而不朽不壞,能破煩惱,其堅固、摧破之二德猶如金剛,故稱金剛部。(三)佛部,理智具足,覺道圓滿,故稱佛部。

此三部之部母與部主各異,佛部以金剛佛頂為部主,以虛空眼為部母;蓮華部以馬頭觀音為部主,以伴陀羅縛字尼(即白衣觀音)為部母;金剛部以金剛手為部主,以忙麼雞為部母。若就中台八葉院而分別三部,則毗盧遮那表示總體,故以之為佛部;四行菩薩表示大悲之德,故以之為蓮華部;四佛表示覺智,故以之為金剛部。或以大日如來為佛部,彌陀為蓮華部,寶幢為金剛部。或以彌陀為蓮華部,釋迦為金剛部,寶幢與開敷花攝屬佛部。

若於第一重中分別三部,則遍知院及五大院攝屬佛部,觀音院攝屬蓮華部,金剛手院攝屬金剛部。若就整個曼荼羅而分別三部,則中台八葉院、遍知院、釋迦院、文殊院、五大院、虛空藏院、蘇悉地院攝屬佛部,右方之觀音院、地藏院攝屬蓮華部,左方之金剛手院、除蓋障院,及周圍之外金剛部院攝屬金剛部。若以此三部加上寶部、羯磨部,是為五部,金剛界即分五部而立。[蘇悉地羯囉經卷上、陀羅尼諸部要目、大日經疏卷五、秘藏記、胎藏界曼荼羅鈔卷下](參閱「五部」1154、「胎藏界」3935) p620